“Bốn nguyên lăng kính” giả thuyết vẫn chỉ là lâm giản cá nhân bút ký trung một tổ mơ hồ ẩn dụ, xa chưa thành thục đến có thể công khai phát biểu. Nhưng mà, đương thứ 74 tầng bên cạnh phòng thí nghiệm hằng ngày thảo luận ( đặc biệt là lâm giản cùng tô vi, Ngô nghiên cứu viên đám người chi gian càng thêm thâm nhập tư tưởng giao lưu ) không thể tránh né mà chạm đến này tổ khái niệm khi, trong đó nhất cụ “Thật thể” cảm duy độ —— “Vật chất chi hình”, dẫn đầu tìm được rồi một cái tuyệt hảo ứng dụng đột phá khẩu: ** dược vật phần tử cùng bia điểm lòng trắng trứng hỗ trợ lẫn nhau **.
Truyền thống dược lý học, vô luận là căn cứ vào kết cấu dược vật thiết kế ( SBDD ) vẫn là căn cứ vào xứng thể dược vật thiết kế ( LBDD ), này trung tâm ở chỗ đem phần tử coi là từ nguyên tử thông qua liên kết hoá học liên tiếp mà thành, có riêng 3d hình dạng cùng hoá học vật lý tính chất ( như sơ biết bơi, điện tích, hydro kiện vị điểm ) khách thể. Loại này “Hình dạng - chìa khoá” mô hình hoặc “Dược hiệu đoàn” mô hình lấy được thật lớn thành công, nhưng cũng ngày càng gặp phải bình cảnh: Đối với rất nhiều đề cập cấu tượng động thái biến hóa, đừng cấu điều tiết, hoặc lòng trắng trứng - lòng trắng trứng hỗ trợ lẫn nhau phức tạp bia điểm, truyền thống căn cứ vào trạng thái tĩnh kết cấu cùng đơn giản bao nhiêu / năng lượng bổ sung cho nhau miêu tả có vẻ lực bất tòng tâm.
Một lần ngẫu nhiên văn hiến xem trung, tô vi chú ý tới một thiên đến từ Châu Âu mỗ toán học sinh vật tiểu tổ bản in trước, nếm thử dùng ** đại số Topology trung liên tục đồng điệu ( Persistent Homology ) ** tới miêu tả protein kết cấu trung “Lỗ trống” cùng “Thông đạo” tùy cấu tượng biến hóa diễn biến, cũng đem này cùng công năng liên hệ lên. Luận văn thực bước đầu, nhưng trong đó ẩn chứa thị giác làm tô vi cảm thấy hưng phấn. Nàng đem văn chương chia sẻ cấp lâm giản cùng Ngô nghiên cứu viên.
“Xem, bọn họ ở dùng Topology bất biến lượng tới khắc hoạ ‘ hình ’ kéo dài đặc thù, mà không chỉ là cụ thể nguyên tử tọa độ.” Tô vi chỉ vào trên màn hình liên tục đồng điệu mã vạch đồ, “Này có điểm giống ngươi nhắc tới ‘ vật chất chi hình ’—— tróc rớt cụ thể hóa học chi tiết, chú ý càng cao trình tự, Topology ‘ hình dạng bản chất ’.”
Lâm giản nhìn chăm chú những cái đó mã vạch, trong đầu “Bốn nguyên lăng kính” dàn giáo tự động khởi động. Hắn đem protein - xứng thể hỗ trợ lẫn nhau vấn đề nhanh chóng “Phân giải”:
-** vật chất chi hình **: Protein cùng dược vật phần tử Topology kết cấu, không khang, mặt ngoài, cùng với chúng nó lẫn nhau khảm bộ, đan chéo bao nhiêu cùng Topology đặc thù.
-** ý thức chi khung **: Chúng ta trước mắt miêu tả loại này hỗ trợ lẫn nhau hóa học cùng vật lý ngôn ngữ ( lực tràng, nối tiếp thuật toán, phần tử động lực học mô phỏng ), bản chất là căn cứ vào kinh điển cơ học cùng điện từ học xấp xỉ dàn giáo, khả năng để sót nào đó Topology hoặc toàn cục ước thúc tin tức.
-** thời gian chi ảnh **: Hỗ trợ lẫn nhau là động thái quá trình, đề cập cấu tượng biến hóa, kết hợp / phân ly động lực học.
-** nhân quả chi võng **: Riêng Topology đặc thù ( như hoàn trạng kết cấu liên tiếp số, lỗ thủng liên thông tính ) hay không cùng sinh vật hoạt tính ( ức chế, kích hoạt, đừng cấu hiệu ứng ) tồn tại càng bản chất nhân quả liên hệ?
Một cái lớn mật ý tưởng ở trong lòng hắn thành hình: ** có không phát triển một bộ hệ thống, căn cứ vào hiện đại bao nhiêu cùng Topology công cụ ( giống như điều luận, nữu kết lý luận, lưu hình học tập ) toán học ngôn ngữ, tới miêu tả cùng đoán trước dược vật phần tử cùng sinh vật đại phần tử hỗ trợ lẫn nhau “Hình dạng bản chất”, do đó siêu việt truyền thống căn cứ vào nguyên tử tọa độ cùng lực tràng miêu tả, sáng lập dược vật thiết kế tân phạm thức? **
Hắn đem cái này ý tưởng cùng tô vi, Ngô nghiên cứu viên thâm nhập thảo luận. Ngô nghiên cứu viên mới đầu cầm hoài nghi thái độ: “Này nghe tới quá toán học, sinh vật hệ thống phi thường ‘ dơ ’, tiếng ồn cực đại, Topology công cụ có thể bắt lấy chân chính tính quyết định đồ vật sao?”
Nhưng tô vi làm tính toán sinh vật học gia, nhạy bén mà nhận thấy được trong đó tiềm lực: “Truyền thống phương pháp ở ứng đối cấu tượng nhu tính cùng đừng cấu hiệu ứng khi xác thật cố hết sức. Topology đặc thù khả năng càng vững vàng, càng có thể bắt giữ toàn cục, cùng công năng tương quan ‘ hình dạng vân tay ’. Ít nhất đáng giá thử một lần.”
Ở đạt được chu giáo thụ ngầm đồng ý cùng chút ít khởi động tài nguyên sau, một cái cực tiểu hình, độ cao vượt ngành học thăm dò tiểu tổ ở thứ 74 tầng bí mật thành lập. Thành viên trung tâm chỉ có lâm giản ( cung cấp toán học dàn giáo cùng thấy rõ ), tô vi ( cung cấp sinh vật học vấn đề cùng tính toán thực hiện ), cùng với Ngô nghiên cứu viên ( phụ trách thuật toán công trình hóa cùng tính năng ưu hoá ). Bọn họ từ công khai cơ sở dữ liệu trung chọn lựa một cái kinh điển, nhưng đến nay vẫn tràn ngập tranh luận trường hợp: **G lòng trắng trứng ngẫu nhiên liên chịu thể ( GPCR ) trong gia tộc mỗ á hình nhiều cấu tượng trạng thái cùng bất đồng xứng thể ( kích động tề, kiết kháng tề, đừng cấu điều tiết tề ) lựa chọn tính chi gian quan hệ **. Vấn đề này truyền thống thượng ỷ lại đại lượng phần tử động lực học mô phỏng cùng tự do có thể tính toán, tính toán phí tổn cực cao thả đoán trước chuẩn xác tính không ổn định.
Lâm giản chủ đạo toán học dàn giáo xây dựng. Hắn không có trực tiếp sử dụng kia thiên bản in trước trung liên tục đồng điệu, mà là đem này mở rộng cũng cùng mặt khác công cụ kết hợp:
1.** hình dạng biểu chinh **: Đối protein cùng xứng thể phần tử mặt ngoài ( hoặc điện tử mật độ chờ tràng ) tiến hành ** nhiều chừng mực Topology đặc thù lấy ra **. Không chỉ có tính toán bất đồng chừng mực hạ Betty số ( liên thông phân lượng, hoàn, lỗ trống số lượng ), còn dẫn vào ** liên tục đồng điệu tầng cấp kết cấu **, hình thành mỗi cái phần tử “Topology vân tay”.
2.** hỗ trợ lẫn nhau lượng hóa **: Định nghĩa protein túi cùng xứng thể chi gian ** Topology đan chéo độ **. Tham khảo nữu kết lý luận cùng khảm nhập lý luận tư tưởng, đem xứng thể coi là khảm nhập protein túi Topology không gian trung tử không gian, tính toán này liên tiếp số, quấn quanh số chờ Topology bất biến lượng, cùng với túi Topology kết cấu ở xứng thể kết hợp trước sau biến hóa ( ** Topology biến hình tràng ** ).
3.** động thái chỉnh hợp **: Đem phần tử động lực học mô phỏng quỹ đạo, chuyển hóa vì ** Topology đặc thù khi tự diễn biến **. Quan sát này đó Topology đặc thù là ổn định ( liên tục mã vạch trường ), này đó là nháy mắt biến, cũng đem này đó động thái Topology hình thức cùng kết hợp lực tương tác, cấu tượng trạng thái chuyển biến liên hệ lên.
4.** máy móc học tập tiếp lời **: Đem này đó cao duy, trừu tượng Topology đặc thù ( cùng với truyền thống hoá học vật lý đặc thù làm đối chiếu ) làm đưa vào, huấn luyện máy móc học tập mô hình ( như đồ mạng lưới thần kinh, nhân này thiên nhiên thích hợp xử lý Topology kết cấu ) tới đoán trước kết hợp hình thức cùng hoạt tính.
Đây là một cái cực kỳ dã tâm bừng bừng kế hoạch, tràn ngập chưa kinh nghiệm chứng giả thiết cùng kỹ thuật nguy hiểm. Nhưng lâm giản “Bốn nguyên lăng kính” thị giác cung cấp nào đó tin tưởng: Bọn họ không phải ở mù quáng ứng dụng toán học, mà là ý đồ vì “Vật chất chi hình” thành lập một bộ càng dán sát này phức tạp bản chất toán học miêu tả ngôn ngữ.
Quá trình dị thường gian nan. Toán học khái niệm sinh vật học thuyết minh tràn ngập bẫy rập, tính toán Topology thuật toán hiệu suất vấn đề gấp đãi giải quyết, như thế nào đem trừu tượng Topology lượng cùng thực nghiệm nhưng trắc sinh vật hoạt tính số liệu liên hệ càng là khiêu chiến. Tiểu tổ trải qua không biết bao nhiêu lần thất bại cùng kịch liệt bên trong tranh luận.
Nhưng mà, bốn tháng sau, cái thứ nhất đột phá tính dấu hiệu xuất hiện. Ở đối một tiểu phê đã biết GPCR xứng thể tiến hành Topology phân tích khi, bọn họ phát hiện: ** sở hữu cao lựa chọn tính kích động tề, vô luận này hóa học kết cấu như thế nào sai biệt, đều ở cùng chịu thể kết hợp khi, hướng dẫn chịu thể túi sinh ra một loại riêng, nhưng thí nghiệm “Topology hình thức” —— tức nào đó riêng chừng mực hạ hoàn trạng kết cấu ( từ protein khung xương cùng sườn liên hình thành Topology hoàn ) liên tục đồng điệu mã vạch xuất hiện lộ rõ kéo dài, cũng cùng một cái khác liền nhau lỗ trống mã vạch sinh ra riêng “Lẫn nhau” hình thức. Mà kiết kháng tề cùng đừng cấu điều tiết tề tắc hướng dẫn ra rõ ràng bất đồng Topology hình thức. **
Càng lệnh người khiếp sợ chính là, khi bọn hắn dùng cái này “Topology hình thức” làm chủ yếu đặc thù, huấn luyện một cái đơn giản phân loại mô hình đi đoán trước tân hoá chất hoạt tính khi, ở độc lập thí nghiệm tập thượng chuẩn xác suất thế nhưng ** lộ rõ vượt qua ** căn cứ vào truyền thống phần tử miêu tả phù ( như lý hoá tính chất, dược hiệu đoàn, thậm chí căn cứ vào phần tử lực tràng nối tiếp chấm điểm ) mô hình. Đặc biệt đối với những cái đó hóa học kết cấu mới mẻ độc đáo, truyền thống phương pháp đoán trước thất bại “Khó lệ”, Topology mô hình biểu hiện ra kinh người khả năng phân biệt.
Bước đầu kết quả trải qua lặp lại nghiệm chứng sau, tiểu tổ sáng tác một thiên tỉ mỉ xác thực kỹ thuật báo cáo, đề vì 《 căn cứ vào nhiều chừng mực liên tục đồng điệu cùng Topology động lực học GPCR xứng thể lựa chọn tính đoán trước: Hạng nhất khái niệm nghiệm chứng nghiên cứu 》. Báo cáo cẩn thận mà cường điệu này bước đầu tính cùng thăm dò tính, nhưng trong đó triển lãm tiềm lực cùng mới mẻ độc đáo thị giác, đã trọn lấy lay động bên trong lĩnh vực đã định tư duy.
Báo cáo không có lập tức công khai, mà là trước tiên ở tiểu phạm vi, đứng đầu tính toán dược vật thiết kế học giả cùng toán học sinh vật học trong nhà truyền đọc. Hưởng ứng giống như mong muốn hai cực phân hoá: Truyền thống dược vật nhà hóa học mãnh liệt nghi ngờ, cho rằng đây là “Dùng hoa lệ toán học che giấu sinh vật học lý giải thiếu thốn”; nhưng một ít có toán học bối cảnh tuổi trẻ sinh vật vật lý học gia cùng tính toán sinh vật học gia tắc vì này phấn chấn, cho rằng này “Khả năng mở ra lý giải phần tử phân biệt một phiến tân cửa sổ”.
Khứu giác nhạy bén khoa học kỹ thuật quản lý bộ môn cùng chiến lược đầu tư cơ cấu, lại từ giữa thấy được hoàn toàn bất đồng giá trị. Ở bọn họ xem ra, này không chỉ là lại một cái thuật toán cải tiến, mà là ** một loại tiềm tàng, điên đảo tính “Nghiên cứu phạm thức” hình thức ban đầu **. Nó trực tiếp hô ứng cao tầng đối với “Ngọn nguồn sáng tạo” cùng “Phạm thức cấp đột phá” khát cầu, hơn nữa này trung tâm tư tưởng ( dùng cao giai toán học công cụ một lần nữa miêu tả vật chất hỗ trợ lẫn nhau ) có cực cường nhưng tính di trú —— hôm nay dùng cho dược vật thiết kế, ngày mai có lẽ là có thể dùng cho tài liệu thiết kế, chất xúc tác khai phá, thậm chí protein thiết kế.
“Topology dược lý học” cái này danh từ, lan truyền nhanh chóng. Tuy rằng nghiên cứu bản thân vẫn ở vào lúc đầu, nhưng “Thứ 74 tầng cái kia tiểu tổ dùng tô-pô đoán trước dược vật hoạt tính lấy được đột phá” tin tức, đã thông qua phi chính thức con đường nhanh chóng khuếch tán. Lâm giản tên, lại lần nữa bị đẩy tới nơi đầu sóng ngọn gió, nhưng lúc này đây, liên hệ không hề là “Toán học hành quân lệnh” hoặc “Giải đề giả”, mà là ** một cái khả năng dựng dục hoàn toàn mới ngành học “Phạm thức người đề xuất” hoặc “Lý luận kiến trúc sư” **.
Áp lực cùng chú ý nối gót tới. Càng nhiều tài nguyên thử tính mà vọt tới, đứng đầu dược xí viện nghiên cứu tìm kiếm hợp tác, toán học cùng sinh vật học lĩnh vực thanh niên tài tuấn khát vọng gia nhập. Đồng thời, nghi ngờ cùng khiêu chiến cũng càng vì nghiêm túc: Yêu cầu lặp lại thực nghiệm, yêu cầu lý luận càng nghiêm khắc thuyết minh, yêu cầu chứng minh này phổ thích tính.
Đối lâm giản cá nhân mà nói, này nghiệm chứng “Bốn nguyên lăng kính” trung “Vật chất chi hình” duy độ cường đại phân tích tiềm lực. Nhưng hắn cũng thanh tỉnh mà ý thức được, này chỉ là cái thứ nhất duy độ, thả xa chưa xong thiện. Topology công cụ bắt giữ “Hình” nào đó phương diện, nhưng “Hình” hay không còn bao hàm mặt khác chưa bị toán học hóa đặc thù? Càng quan trọng là, “Vật chất chi hình” cùng “Ý thức chi khung”, “Thời gian chi ảnh”, “Nhân quả chi võng” hỗ trợ lẫn nhau, ở cái này cụ thể nghiên cứu trung là như thế nào thể hiện? Tỷ như, bọn họ lựa chọn Topology đặc thù ( ý thức chi khung ), hay không vừa lúc cùng quyết định hoạt tính nhân quả cơ chế ( nhân quả chi võng ) đã xảy ra may mắn trùng hợp? Như thế nào hệ thống mà, mà phi ngẫu nhiên mà thành lập loại này liên hệ?
“Topology dược lý học” thành công sơ đề, giống một tiếng lảnh lót kèn, tuyên cáo “Bốn nguyên lăng kính” dàn giáo từ triết học tư biện mại hướng chứng minh thực tế thăm dò bước đầu tiên. Nó hướng toàn bộ “Toán học nước cộng hoà” triển lãm: Đem cao giai toán học công cụ chiều sâu dung nhập truyền thống kinh nghiệm tính ngành học, không những có thể ưu hoá hiện có phương pháp, càng khả năng ** một lần nữa định nghĩa vấn đề bản thân **, sáng lập hoàn toàn mới nhận tri lãnh thổ quốc gia.
Nhưng mà, này cũng ý nghĩa, tri thức thay đổi tốc độ đem bởi vậy tiến thêm một bước gia tốc. Những cái đó vừa mới miễn cưỡng nuốt xuống “Bánh nén khô” giáo tài bọn học sinh, thực mau đem phát hiện, tuyến đầu “Vật chất chi hình” nghiên cứu, đã bắt đầu sử dụng bọn họ khả năng liền nghe cũng chưa nghe qua toán học công cụ. Cọc tiêu, lại một lần không tiếng động mà, rồi lại vô cùng chân thật mà, về phía trước di chuyển vị trí một đi nhanh.
Mà đối với lâm giản, này thanh sơ đề đã là cổ vũ, cũng là càng trầm trọng trách nhiệm bắt đầu. Hắn đứng ở chính mình mở ra này phiến tân trước đại môn, phía sau cửa là sâu thẳm rộng lớn, nhưng cũng tràn ngập không biết hiểm trở “Vật chất chi hình” thăm dò chi lộ. Mà “Bốn nguyên lăng kính” mặt khác ba cái duy độ, còn trong bóng đêm lẳng lặng chờ đợi hắn quang lâm. Trận này bắt đầu từ đêm khuya pop-up nhận tri mạo hiểm, này lan đến phạm vi cùng chiều sâu, đã xa xa vượt qua hắn lúc ban đầu tưởng tượng.